Galaxy NGSでNGS解析を“趣味っぽく”回し始めたら沼だった話：初心者の自分が揃えた機材とハマりどころ全部書く

「galaxy ngs」で検索する人って、たぶん僕と同じで “NGS解析ってやつをやりたいけど、コマンドラインは怖いし、とにかく動く形が見たい” みたいな気持ちだと思う。で、そこで出会うのがブラウザで解析できる Galaxy。
最初は「え、WebでFASTQ触れるの？マジ？」って半信半疑だったんだけど、触ってみたら妙に楽しくて、気づけば夜中にQC眺めてニヤニヤするタイプの人間になってた。

ただ、Galaxy自体はブラウザで動くからって、手元の環境が適当でも平気……というわけでもなくて、データ置き場とか、作業用のPCとか、地味な周辺機器で詰まったりする。今回は、完全に趣味ブログのノリで、僕が「これ買っといて助かった〜」となったものや、「これ無くて詰んだ〜」となったものを、Galaxy NGS視点で雑にまとめる。

Galaxy NGSって結局なに？僕の超ざっくり理解

僕の理解では、Galaxy NGSは「NGSの一連の解析（QC→前処理→マッピング→BAMいじり→下流解析）を、ブラウザ上で手順として残しながら進められる場所」。
コマンドを打たない代わりに、“何をどう押したか”が履歴に残るのがありがたい。あと、ワークフロー化すると「次も同じやつやる」が楽になる。

でもね、ここで大事なのは、Galaxyが魔法の箱ってわけじゃなくて、データがデカい。FASTQって容赦ない。なので、僕はまず「データを受け止められる体力（ストレージと作業環境）」を整える方向に走った。

まず詰まるのはストレージ：FASTQってほんと重い

最初にやったのは「とりあえず外付けSSD買う」。これだけでかなり精神が安定した。

で、「SSDだけでいいじゃん」と一瞬思ったけど、NGSって“積み上がる趣味”なんだよね。気づいたら外付けHDDも買ってた。

ここまでで「まあいけるっしょ」と思うんだけど、複数サンプルとかやりだすと、次に欲しくなるのがNAS。いわゆる“研究じゃなくても家庭内データセンターごっこ”が始まる。

NAS導入してから「データの置き場に悩む」ストレスが激減した。Galaxyに投げる前の“材料置き場”があるだけで、解析ってこんなに気が楽なんだなって思った。

作業PCは何がいい？僕は「無理しない」を選んだ

Galaxyは基本ブラウザで回すことが多いとはいえ、アップロードしたり、結果のファイルを扱ったり、ローカルで前処理したり、可視化したりで、結局PCは要る。
僕は「解析ガチ勢じゃないから」と思いながら、結局いろいろ見て回ってこうなった。

ノートで回す派（僕の最初の解）

家の机に固定して回す派（途中からこっちに寄った）

“ワークステーション”に憧れてしまった時のやつ

正直、僕みたいに「Galaxyでまず体験したい」なら、いきなり巨大ワークステーション買わなくてもいいと思う。でも“沼”だからね。いつか買う未来が見えるのが怖い。

画面は2枚欲しい：QCと手順とログを並べたくなる

GalaxyでQC眺めてると、片方にFastQC的なレポート、片方に履歴や設定みたいに並べたくなる。これ、やり始めると戻れない。

あと、地味に良かったのがライト。

  • 夜中に“解析ごっこ”するときの相棒： BenQ ScreenBar

USB周りで詰む：ドッキングステーションは早めに買うべきだった

外付けSSD、外付けHDD、カードリーダー、何かしらでUSBが足りない。
僕は結局「最初からドック買えばよかった…」ってなった。

ケーブルも、気づくと増える。

ネットワークも地味に重要：NAS使うならなおさら

Galaxyにデータ投げたり、NASから引っ張ったりしてると、Wi-Fiが弱いとストレスが溜まる。
そこで僕はルーターを見直した。

停電が怖くなる：バックアップとUPSでメンタルを守る

NAS導入すると、次に怖くなるのが電源トラブル。
趣味なのに、急に“運用”っぽい悩みが増える。

自作欲が出たら（危険）：CPUとメモリとSSDの話をし始める

ここから先は、僕が完全に沼に片足突っ込んだゾーン。
「Galaxyはブラウザだし関係ないよね？」って思ってたのに、気づけばローカルでも色々やりたくなって、PCパーツを見始める。

メモリは、NGSを触るなら「積めるだけ積みたい」欲が出る。

作業ディスクは、体感が変わるから良いSSDが欲しくなる。

そして冷却。ここで急に“夏の敵”が現れる。

電源も、気づくと良いものが欲しくなる。

ケースも、見た目の趣味が出る。

マザボは、完全に雰囲気で選び始める。

このへんは正直、趣味の領域。でも“趣味解析”って、こういう寄り道が一番楽しい。

操作系の快適さは侮れない：マウスとキーボードでQOLが変わる

Galaxyってクリック多いんだよね。だから入力デバイスが地味に効く。

集中用の音：夜の解析はヘッドホンが欲しくなる

夜中にレポート眺めるのって、なんか癒し効果がある。
その気分を作るために音を整えた。

“作業配信”じゃなくても便利：小物が増える（そして楽しい）

完全に趣味の沼だけど、手順をメモったり、ショートカット叩いたりするのに便利。

本も買ってしまう：理解が進むとGalaxyがさらに楽しくなる

結局、ツールを触るだけじゃなくて「何を見て判断するか」が分かってくるとGalaxyが一気に面白くなる。僕は本に逃げた。

ノートも、なんだかんだ紙が好きで使ってる。

Galaxy NGSで僕が実際にハマったポイント（初心者あるある）

1) QCの見方が最初わからない

「なんか赤い」「なんか警告出てる」で止まる。
僕は一回、見た目の警告にビビって全部トリミングしたら、逆に情報落として泣いた。QCは“異常検知”だけじゃなく、“データの性格を知る”ためのもの、って自分に言い聞かせてる。

2) 参照ゲノムの版で迷う

「どれ使えばいいの？」ってなる。版が違うと結果がズレるのが怖い。
僕は“解析の前に、参照の名前と版をメモする”を習慣にした。これだけで後の自分が助かる。

3) 複数サンプルになると手作業が爆発する

ここでワークフローのありがたみが来る。
最初は面倒だけど、ワークフロー化した瞬間、「あ、Galaxyってこういうことか」って腑に落ちた。

4) データ置き場がグチャグチャになる

これ、ストレージを最初に整えるべき理由。
僕は外付けSSD（SanDisk Extreme Portable SSD 2TB）とNAS（Synology DiskStation DS923+）にしてから、ほんとに楽になった。

まとめ：Galaxy NGSは“解析”というより“趣味の工作”に近い

Galaxy NGSを触って思ったのは、解析って「正解を出す作業」でもあるけど、同じくらい「環境を整えて、手順を作って、再現できる形にする工作」なんだなってこと。
その工作を、ブラウザで触りながら進められるのがGalaxyの面白さだと思う。

僕みたいに、趣味っぽくNGS解析の世界を覗きたいなら、まずはストレージを整えて、画面を増やして、ちょっと快適にして、夜中にQC眺めてニヤニヤするところから始めるのがいい。
そして気づいたら、机の上に Logitech MX Master 3S と BenQ ScreenBar と Samsung 990 PRO 2TB が並んでて、「あれ、僕なにしてるんだっけ？」ってなる。
でも、その“沼”がたぶん、Galaxy NGSの入り口なんだと思う。

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